ميكروارگانيسم ها ازطريق بيمار به يك ميزبان مستعد منتقل مي شوند. راه انتقال آن ها، اغلب دست آلوده ي كاركنان است. از ساير راه¬هاي انتقال ميكروارگانيسم ها مي توان به اشياء، سطوح و هوا اشاره كرد. سطوح نزديك به بيمار اغلب آلوده تر از ساير سطوح است. طبق بررسي ها مشخص شده است كه سطوح آلوده به وسيله ي دست كاركنان نقش مهمي در انتقال باكتري هايي مثل كلستريديوم ديفيسيل، VRE، MRSA، آسينتوباكتر، سودوموناس و ... دارند. بهبود بهداشت محيط بيمارستان باعث كنترل طغيان اين ميكرارگانيسم¬ها خواهد گرديد.
در سال هاي اخير كشت هاي روتين و بي هدف از محيط هاي بيمارستاني غيرضروري تشخيص داده شده است. مركز كنترل و پيشگيري از بيماري¬ها CDC در دستورالعمل هاي خود توصيه كرده كه كشت هاي محيطي در زمان طغيان عفونت هاي بيمارستاني و در مطالعات اپيدميولوژيك انجام شود.
يكي از راه كارهاي اصلي پيشگيري از انتقال عفونت هاي بيمارستاني، كاهش تعداد يا ازبين بردن عوامل ميكروبي محيط شامل سطوح، ابزار و ... مي باشد كه به اين منظور بايستي از روش هاي مختلفي از قبيل گندزدايي و ضدعفوني استفاده كرد